ПОВЕРХНОСТЬ ПОТЕНЦИАЛЬНОЙ ЭНЕРГИИ ПОЛИПЕПТИДНЫХ ЦЕПОЧЕК АЛАНИНА
Соловьев Ил.А., Якубович А.Я., Соловьев А.В., Грайнер В.

Поступила в редакцию: 18 Мая 2005

PACS: 73.61.Ph

DJVU (871.6K)

PDF (4.2M)

Проведено исследование многомерной поверхности потенциальной энергии цепочек, состоящих из трех и шести аланинов, по отношению к связанным с кручением этих молекул относительно полипептидной цепи степеням свободы, которые ответственны за фолдинг подобных молекул и белков. Расчет потенциальных поверхностей выполнен из первых принципов в рамках теории функционала плотности с учетом всех электронов в системе. Проведены оценки вероятностей переходов между различными устойчивыми конформациями молекул. Полученные результаты сравниваются с имеющимися данными молекулярно-динамических расчетов, а также с экспериментальными данными. Исследовано влияние вторичной структуры полипептидной цепи на ее конформационные свойства относительно вращения. Для цепочки из шести аминокислот со структурой спирали и листа продемонстрировано влияние вторичной структуры на устойчивые изомерные состояния молекулы.